1.党政办公室
    负责总社机关综合管理，协调机关内外部的工作关系，制定机关工作制度，保证机关工作正常运转；负责市总社理事会有关决议的督办，检查有关决议和领导批办事项的落实情况；组织安排市总社理（监）事会议及各类重大会议和活动；负责文秘及政务信息、公文电函处理、宣传工作、档案保密、局域网管理、垃圾分类、公共机构节能、信访和接待工作；负责起草综合性文稿、重要报告、史志以及年鉴工作；承担总社机关行政事务和后勤服务工作；负责人大代表建议、政协委员提案的接收和回复工作；承担总社党委交办的相关党务工作；负责计划生育工作，协调工青妇等群团工作有关事项。
    2.人事劳资科
    负责抓好党员和干部管理教育工作；承办全市供销合作社社员代表大会及其理事会、监事会的有关组织人事工作；承办总社机构编制、纪检监察、劳动人事、人事档案管理、社会保障、职称、离退休老干部管理、统战和知识分子工作；负责对控股和参股企业委派或推荐董事长、董事、监事及财务负责人，制定相关的管理制度并提出考核奖惩意见；负责出国政审、人才管理等工作；负责系统工会工作。
    3．经济发展科
    拟订系统经济发展规划并组织实施；组织指导新农村现代流通网络建设、系统电子商务建设；拟订社有资产监督管理及绩效考核、奖惩制度并执行监督；负责系统投资项目的可行性研究、论证和管理；指导服务系统社有企业转型升级、创新发展；负责系统安全生产监管、应急管理、质量安全、食品卫生、价格调控、统计、爱卫与健康、城市创建、综合治理、法治宣传等工作。
    4.合作指导科
    组织指导基层社、综合服务社建设，引导成员社发展农民专业合作联合社、以农民为主体的综合性合作社、现代农业综合服务中心；推动系统开展土地托管等多种形式的社会化服务，提出政策支持建议；参与发展农村合作金融服务；负责系统农产品市场建设及产销对接、农产品经纪人队伍建设；统一推广使用和规范管理中国供销合作社标识；负责对重要农业生产资料、重要农产品及其他商品的生产、经营、储备进行组织、协调和管理；负责对市总社主管社团的组织协调、业务指导、监督管理以及对口帮扶等工作。
    5.财务审计科
    监督实施相关财经纪律和财务制度，编制市社年度财务预算，负责财务审计报表资料分析上报工作，负责本系统社有资产的监管和内部审计工作，负责本系统财会人员的岗位培训，负责资产调控和改制相关工作。